引起射精时有痛感的病因较为复杂，可分为非器质性因素和器质性因素这两大类。
一、非器质性因素主要包含以下三个方面：
1.心理因素：主要是精神或心理出现异常，或者受到环境、性伴侣等方面的影响，在性生活过程中产生过度紧张、不安或焦虑等情绪。
2.行为因素：(1)性活动中前戏不足，导致阴茎插入干燥的阴道；(2)性交过程过于粗暴、激烈；(3)禁欲较长时间后性交时性兴奋过度强烈；(4)短时间内性交过频或性交时间过长，致使生殖系统过度“透支”。
3.药物因素：国内外均有关于三环类抗抑郁药（如阿米替林、氯米帕明等）导致射精痛的报道。射精痛是此类药物治疗中的一个重要副作用，但较为少见，通常在剂量增大时发生，停药或减量后该症状会消失。
二、器质性因素主要涵盖损伤因素与疾病因素两个方面：
1.损伤因素：
外伤：如骑跨伤造成的会阴部损伤、尿道损伤、球海绵体肌损伤等。
医源性损伤：如包皮环切术后、男性输精管结扎术后，以及其他生殖系统手术或经过尿道内窥镜检查、治疗后，像膀胱镜检查、尿道扩张、前列腺增生组织电切除术等。
2.疾病因素：
泌尿生殖系统感染：是引起射精痛的最常见原因之一，包括：①非特异性感染，如包皮龟头炎、睾丸炎、附睾炎、精囊炎、精索炎、前列腺炎、尿道炎、膀胱炎等，特别是在急性期，射精痛较为明显；②特异性感染，如生殖系统结核病；③性传播疾病，如淋菌性尿道炎、软下疳等射精痛明显，非淋菌性尿道炎可能有射精不适或轻微疼痛，而其他常见性传播疾病如梅毒、尖锐湿疣等一般无射精痛。
泌尿生殖系统畸形：最为常见的有包茎、包皮过长、包皮系带过短、先天性尿道上裂或尿道下裂等。
泌尿生殖系统结石、肿瘤：如膀胱结石、前列腺结石、前列腺癌、精囊癌、膀胱癌、阴茎肿瘤等。
其他疾病：如精索静脉曲张、阴茎硬结症、睾丸鞘膜积液、膀胱或尿道异物等。
此外，阴茎皮肤对避孕套或避孕膏过敏，引发过敏性皮炎也可能导致射精痛。
总之，射精痛的病因多样且复杂，需要仔细甄别和针对性治疗。