卵巢囊肿的治疗需根据囊肿的性质、大小、患者年龄等因素来选择，一般直径小于5厘米且无症状的生理性囊肿，有可能自行消失，可定期（通常3~6个月）复查B超观察变化。
生理性囊肿的处理
观察等待： 像卵泡囊肿、黄体囊肿这类生理性囊肿，很多时候会在月经周期变化中自然消退。一般建议每3-6个月做一次超声检查，观察囊肿大小变化。如果在观察期间囊肿没有增大，甚至缩小或消失，通常就不需要特殊治疗。注意生活方式： 保持良好的生活习惯很重要，要保证充足睡眠，一般每天建议7-8小时的睡眠时间，还要适度运动，比如每周进行3-5次、每次30分钟左右的有氧运动，像快走、慢跑等，有助于调节身体内分泌，对囊肿的消退可能有一定帮助。
病理性囊肿的治疗方式
手术治疗情况： 如果囊肿直径大于5厘米，或者持续存在超过3个月，考虑为病理性囊肿，多需要手术治疗。手术方式有开腹手术和腹腔镜手术等。腹腔镜手术属于微创手术，创伤小，术后恢复快，一般术后住院3-7天左右就能出院。手术切除范围： 对于年轻有生育需求的患者，会尽量保留卵巢功能，采取囊肿剥除术；而对于年龄较大、无生育需求或怀疑囊肿为恶性的患者，可能会行患侧附件切除术。
药物辅助治疗
抗炎药物： 如果囊肿是因炎症引起，可能会使用抗炎药物。比如盆腔炎性包块导致的囊肿，会根据病情使用头孢类抗生素等，一般需要连续用药1-2周左右，但药物治疗通常作为辅助手段，配合手术等治疗。抑制囊肿生长药物： 对于一些激素相关的囊肿，比如子宫内膜异位囊肿，可能会使用GnRH-a类药物，这类药物能抑制卵巢功能，减少雌激素分泌，从而抑制囊肿生长，但一般用药时间不宜过长，通常不超过6个月，且用药期间需要注意补钙等预防骨质疏松的措施。