甲状腺囊肿的形成通常与多种因素有关。一般来说，甲状腺囊肿可能由以下一些情况引起。
碘摄入异常相关
碘缺乏或过量： 碘是合成甲状腺激素的重要原料。当人体长期碘缺乏时，会影响甲状腺激素的合成，导致甲状腺代偿性增生，进而可能形成囊肿；而如果碘摄入过量，也可能打破甲状腺激素合成与调节的平衡，增加甲状腺囊肿发生的风险。比如，一些地区由于自然环境中碘含量偏低，当地人群长期碘摄入不足，甲状腺囊肿的发生率相对会高一些。
遗传因素影响
家族遗传倾向： 有研究发现，甲状腺囊肿具有一定的遗传易感性。如果家族中有亲属患有甲状腺囊肿相关疾病，那么个体患甲状腺囊肿的几率可能会相对增加。不过，遗传因素并不是唯一决定因素，只是起到一定的 predisposing（易患）作用。
内分泌紊乱方面
激素水平变化： 女性在一些特殊时期，如青春期、妊娠期、哺乳期等，体内激素水平会发生较大波动。以妊娠期为例，孕妇体内雌激素、孕激素等水平明显升高，可能会对甲状腺的结构和功能产生影响，使得甲状腺组织出现增生、囊性变等情况，从而增加甲状腺囊肿发生的可能性。另外，长期的精神压力过大等也可能导致内分泌紊乱，间接影响甲状腺，增加囊肿形成风险。
炎症相关因素
甲状腺炎症： 当甲状腺发生炎症时，比如自身免疫性甲状腺炎等，炎症会刺激甲状腺组织，引起甲状腺滤泡的结构和功能改变，导致滤泡内液体潴留等情况，进而形成囊肿。例如，慢性淋巴细胞性甲状腺炎（桥本病）患者，在疾病发展过程中，就有可能出现甲状腺囊肿的并发症。