婴儿湿疹的主要原因较为复杂，通常与遗传、皮肤屏障功能异常以及环境因素等有关。据研究，约60%的婴儿湿疹患儿有家族过敏史，比如父母一方有过敏性疾病，孩子患湿疹的风险会明显增加。
遗传因素方面
家族过敏史影响： 如果父母双方或一方有过敏性疾病，像过敏性鼻炎、哮喘等，那么婴儿患湿疹的几率会大大提高。有数据显示，父母一方有过敏史时，婴儿湿疹发生率约为30%；父母双方都有过敏史时，发生率能达到50%以上。基因易感性体现： 婴儿自身的基因也可能存在易感性，使得皮肤对各种刺激的抵御能力较弱，更容易引发湿疹。
皮肤屏障功能异常方面
皮肤角质层薄： 婴儿的皮肤角质层比成人薄很多，锁水能力较差，这就导致皮肤容易失水，使得皮肤的屏障功能受损，从而更容易受到外界刺激引发湿疹。一般婴儿出生后前几个月，皮肤屏障功能还未完全发育成熟。皮脂分泌情况： 婴儿皮脂分泌相对较少，皮脂有保护皮肤的作用，皮脂少会使皮肤的保护屏障减弱，增加湿疹发生的可能性。
环境因素方面
接触过敏原： 生活中的很多物质可能成为过敏原，比如尘螨，室内灰尘里的尘螨是常见的过敏原之一，婴儿接触后容易引发湿疹；还有动物毛发，家里宠物的毛发也可能让婴儿接触后出现湿疹症状。温度和湿度影响： 环境的温度和湿度对婴儿湿疹也有影响，过热或者过湿的环境都可能刺激婴儿皮肤。比如室内温度过高时，婴儿皮肤出汗多，汗液刺激皮肤容易长湿疹；空气湿度太低时，皮肤水分流失快，也会导致皮肤屏障功能受损引发湿疹。