同房后小腹总是隐隐作痛可能由多种原因引起。比如，生理性因素中，在同房时，男性阴茎的抽动会对女性阴道、腹腔及盆腔器官产生较为明显的刺激，有的女性可能会出现小腹隐痛，这种情况一般休息片刻就能缓解。
妇科疾病因素
盆腔炎：女性盆腔内的器官如子宫、输卵管、卵巢等发生炎症时，同房刺激可能导致小腹隐痛。盆腔炎分为急性和慢性，慢性盆腔炎往往会反复出现下腹部隐痛，还可能伴有白带增多等症状。一般通过妇科检查和B超等可以辅助诊断。子宫内膜异位症：子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位，同房时可能引起小腹疼痛。这种疼痛可能在月经前后或经期加重，患者可能还会有痛经、月经异常等表现，通过腹腔镜等检查可协助诊断。
男性因素导致
精囊炎：男性精囊发生炎症，同房后可能出现小腹隐痛，同时可能伴有血精等症状。精囊炎多由细菌感染引起，通过精液常规等检查可帮助判断。前列腺炎：前列腺发生炎症时，同房后也可能出现小腹隐痛，还可能伴有尿频、尿急、尿不尽等排尿异常症状，前列腺液检查等有助于诊断前列腺炎。
其他因素
姿势不当：同房时如果姿势不正确，比如用力过猛或体位不当，可能会导致小腹肌肉紧张或受到过度牵拉，从而引起隐隐作痛，这种情况调整姿势后通常能缓解。肠道问题：同房时的刺激可能诱发肠道痉挛等情况，也会导致小腹隐隐疼痛，同时可能伴有腹泻或便秘等肠道症状，需要结合肠道相关检查来鉴别。