小肠镜检查与肠镜检查在检查部位、检查方式及操作难度上均存在差异。
一、检查部位不同。肠镜主要检查结肠和直肠，是从肛门进入直肠，按顺序对乙状结肠、降结肠、横结肠直至升结肠进行检查，重点在于观察结直肠的病变情况；而小肠镜则是从口插入胃部，接着经过十二指肠、空肠一直到回肠，主要是为了检查小肠的病变。
二、检查方式及操作难度不同。肠镜是从肛门进入后抵达升结肠，其操作相对简单，难度较低；然而小肠镜检查所涉及的肠道较为细长，操作所需时间更长，操作难度也就相对较大。
总的来说，小肠镜检查与肠镜检查有着明显不同的特点，在应用时需根据具体情况进行选择。