肛窦炎可使用抗生素类药物等治疗，一般可选用甲硝唑等药物。通常根据病情不同用药有所差异。
抗生素类药物的应用
甲硝唑： 甲硝唑对厌氧菌有较好的抑制作用，可用于肛窦炎的治疗。它能通过干扰细菌的代谢过程，起到杀菌的效果。不过，儿童使用需谨慎，2岁以下儿童不建议使用。头孢类抗生素： 如头孢拉定等，属于广谱抗生素。对于由敏感菌引起的肛窦炎有一定的疗效。但要注意，对头孢菌素类药物过敏者禁用。
中药坐浴药物
黄柏洗液： 黄柏具有清热燥湿等功效，用黄柏洗液坐浴可以起到一定的清热利湿、消肿止痛作用，有助于缓解肛窦炎引起的局部不适。一般按照说明书稀释后进行坐浴，每天可进行1 - 2次。苦参汤： 苦参有清热燥湿、杀虫止痒的作用，苦参汤坐浴也能改善肛窦炎导致的肛门局部症状。通常将苦参等药物煎水后进行坐浴，水温适宜后坐浴15 - 20分钟左右。
对症缓解症状的药物
止痛药物： 当肛窦炎引起较为明显的疼痛时，可使用布洛芬等非甾体抗炎止痛药物。但布洛芬对胃肠道有一定刺激性，有消化道溃疡病史的患者要慎用。润肠通便药物： 如麻仁润肠丸等，因为便秘可能会加重肛窦炎的症状，所以通过服用润肠通便药物保持大便通畅很重要。不过，孕妇等特殊人群使用前需咨询医生。