甲状腺炎的治疗需根据不同类型来选择合适方式，比如自身免疫性甲状腺炎，若甲状腺功能正常，通常不需要特殊治疗，但要定期复查甲状腺功能，一般建议每6~12个月复查一次；如果出现甲状腺功能减退，可能需要使用左甲状腺素钠片进行替代治疗。
自身免疫性甲状腺炎的治疗
慢性淋巴细胞性甲状腺炎（桥本甲状腺炎）： 当甲状腺功能正常时，主要是定期监测，每6 - 12个月检查甲状腺功能（包括甲状腺激素和促甲状腺激素）以及甲状腺超声。如果发展为甲状腺功能减退，就需要补充左甲状腺素钠，维持甲状腺功能在正常范围。产后甲状腺炎： 多数患者甲状腺功能可自行恢复，对于出现甲状腺功能减退且症状明显的，短时间内可使用左甲状腺素钠对症治疗，一般持续数月后可能停药，但需密切监测甲状腺功能变化。
感染性甲状腺炎的治疗
细菌性甲状腺炎： 主要是使用抗生素治疗，根据细菌培养和药敏试验选择敏感抗生素。一般需要用药至少10 - 14天，治疗期间要监测甲状腺功能变化，因为炎症可能影响甲状腺功能。病毒性甲状腺炎： 如亚急性甲状腺炎，主要是对症治疗，疼痛明显时可使用非甾体抗炎药，如阿司匹林，布洛芬等，能缓解疼痛和退热。如果疼痛剧烈，非甾体抗炎药效果不佳，可考虑使用糖皮质激素，如泼尼松，通常用药1 - 2个月左右，但要注意激素的副作用。
放射性甲状腺炎的治疗
一般处理： 轻度的放射性甲状腺炎，通常不需要特殊治疗，注意休息，避免劳累，多数在数周内可自行缓解。症状明显时： 如果出现疼痛等症状，可使用非甾体抗炎药缓解，如布洛芬等。如果甲状腺功能出现异常，根据具体情况进行相应处理，如出现甲状腺功能亢进，可短时间使用β受体阻滞剂，如普萘洛尔对症治疗，一般不使用抗甲状腺药物，因为放射性甲状腺炎导致的甲亢是自限性的。