眼皮上的扁平疣可通过多种方法进行治疗，包括外部涂抹药物、冷冻治疗、激光治疗等。具体如下：
一、涂抹药物
1.干扰素软膏：具有抗病毒作用，可局部使用来抑制扁平疣病毒。
2.咪喹莫特乳膏：是一种免疫调节剂，能帮助对抗扁平疣。
3.酞丁安搽剂：有抗病毒功效，可用于扁平疣的涂抹治疗。
二、冷冻治疗
如果药物治疗效果不好，或是疣体较大、瘙痒感明显，可前往医院进行液氮冷冻治疗。液氮冷冻通过低温使疣体组织坏死脱落。
三、激光治疗
当扁平疣的疣体较大、瘙痒感显著，导致眼部皮疹增多时，必要情况下可采取激光烧灼治疗，直接将疣体消除。之后需使用抗菌消炎药物处理患处，以防继发性感染。
总之，眼睛部位长扁平疣的患者应及时前往医院，明确病情后，依据病情的严重程度选择适宜的治疗方法。在治疗期间要注意避免患处碰水，也不可过度抓挠，防止出现感染。