怀孕三个月肚子疼可能由多种原因引起。比如，子宫增大可能会引起韧带牵拉痛，一般这种疼痛多为轻微的牵扯痛。
生理性腹痛
子宫增大牵拉痛：怀孕三个月时，子宫逐渐增大，会牵拉周围的韧带，导致下腹部隐隐作痛，这种疼痛通常比较轻微，不伴有阴道出血等其他不适。一般不需要特殊处理，孕妇多休息即可缓解。激素变化影响：怀孕后体内激素水平发生变化，可能会引起胃肠道蠕动减慢，出现腹部隐痛，可能还会伴有腹胀等表现。孕妇要注意合理饮食，少量多餐，吃一些易消化的食物。
病理性腹痛
先兆流产：如果肚子疼伴有阴道流血，可能是先兆流产。这时候要及时就医，进行相关检查，如超声检查等。如果是先兆流产，需要根据具体情况进行保胎治疗等。宫外孕：虽然怀孕三个月宫外孕的情况相对较少，但也不能完全排除。宫外孕破裂时会出现剧烈腹痛，伴有阴道出血，这种情况非常危险，需要立即就医。通过超声等检查可以辅助诊断宫外孕。肠道疾病：如急性肠炎也可能导致怀孕三个月的孕妇肚子疼，常伴有腹泻、恶心、呕吐等症状。如果是肠道感染引起的肠炎，要注意饮食卫生，必要时在医生指导下进行相应处理，避免自行用药影响胎儿。泌尿系统疾病：比如输尿管结石，也可能引起腹部疼痛，疼痛可能比较剧烈，可伴有腰痛、血尿等表现。需要通过相关检查明确诊断，并采取合适的处理措施。