阴蒂疼的治疗需依据不同病因选择适宜方式，其可能由细菌性阴道病、外阴炎、尖锐湿疣等引发。
一、细菌性阴道病：若阴蒂疼是因细菌性阴道病导致，可及时在医生指导下运用克霉唑、甲硝唑等抗菌药物进行有效治疗。细菌性阴道病主要是由阴道加德纳菌、各种厌氧菌及支原体等引起的混合感染。其典型临床症状为阴道分泌物增多，有鱼腥臭味，尤其性交后加重，可伴有轻度外阴瘙痒或烧灼感。
二、外阴炎：当患者患上外阴炎时，就会致使患者出现阴蒂疼痛这种不良症状，此时患者可在医生指导下使用制霉菌素片、青霉素G等药物进行医治。外阴炎即外阴的皮肤或黏膜所发生的炎症病变，如红、肿、痛、痒、糜烂等。
三、尖锐湿疣：要是由尖锐湿疣造成阴蒂疼痛，患者可在医生指导下使用转移因子、胸腺肽、利巴韦林等药物进行有效治疗，也可在医生指导下使用环孢素、环磷酰胺等免疫抑制剂进行治疗，能起到良好效果。尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染所致的以肛门生殖器部位增生性损害为主要表现的性传播疾病。
此外，建议患者在治疗期间还应注重局部卫生等。总之，对于阴蒂疼的情况，要明确具体病因后采取针对性的治疗措施，同时注意相关护理。