扁桃体肥大的治疗需根据具体情况而定。一般来说，轻度的扁桃体肥大如果没有明显症状可以先观察，而中重度且有相关症状的可能需要采取药物或手术等治疗。
观察等待情况
如果扁桃体肥大程度较轻，孩子没有出现呼吸不畅、睡眠打鼾、吞咽困难等明显症状，通常可以选择观察等待。比如一些儿童扁桃体肥大是生理性的，随着年龄增长可能会逐渐萎缩。这期间要注意让孩子保持良好的生活习惯，保证充足睡眠，适当锻炼以增强免疫力，减少上呼吸道感染的发生，因为反复的炎症刺激可能会加重扁桃体肥大。
药物治疗方面
如果扁桃体肥大是由炎症引起的急性发作，可使用抗生素治疗。比如细菌感染导致的扁桃体炎引发的肥大，常用青霉素类抗生素，如阿莫西林等，不过使用前需确定孩子不对青霉素过敏。但药物治疗主要是针对炎症发作期缓解症状，不能使已经肥大的扁桃体完全恢复到正常大小。
手术治疗情况
当扁桃体肥大非常严重，已经影响到孩子的呼吸、睡眠，出现长期打鼾、呼吸暂停等情况，或者反复发生扁桃体炎，一年发作7 - 8次及以上，严重影响孩子的生活质量时，就可能需要考虑手术治疗。手术一般是切除肥大的扁桃体，目前多采用低温等离子消融术等较为微创的方式，术后需要注意孩子的饮食，初期以流食或半流食为主，比如术后1 - 2天可以喝牛奶、粥等，同时要按照医生要求服用药物预防感染等。