小便拉不干净并伴有腰疼，可能与以下几种原因有关：
1.泌尿系统感染：如尿道炎、膀胱炎等，炎症刺激可导致尿频、尿急、尿不尽，同时伴有腰疼。此外，还可能出现尿痛、血尿等症状。治疗一般采用抗生素，如左氧氟沙星、阿莫西林等。
2.前列腺炎或前列腺增生：男性患者中较为常见，可出现尿频、尿急、尿不尽、尿无力、尿滴沥、尿等待、尿分叉、尿道口滴白、会阴部疼痛、下腹部坠胀、腰膝酸软、乏力等症状。治疗方法因病因而异，如有细菌感染，需使用抗生素，如前列舒通胶囊、前列欣胶囊等。
3.肾盂肾炎：是肾盂和肾实质的炎症，大都由细菌感染引起，主要表现为尿频、尿急、尿痛、腰痛等症状。治疗主要是使用抗生素，如头孢呋辛酯片、头孢克洛缓释胶囊等。
4.泌尿系统结石：如肾结石、输尿管结石等，可引起尿路梗阻，导致排尿不畅，伴有腰疼。较小的结石可以通过多喝水、多运动等方式自行排出，较大的结石则需要进行体外冲击波碎石或手术治疗。
5.其他：如泌尿系统肿瘤、肾积水等也可能出现类似症状。
如果出现小便拉不干净并伴有腰疼的症状，建议及时就医，进行相关检查，如尿常规、泌尿系统超声等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。此外，在日常生活中，应注意个人卫生，多喝水，勤排尿，避免憋尿，保持尿路畅通。同时，注意腰部保暖，避免过度劳累和长时间久坐。