早上起来肚子疼通常可能是以下原因导致。
一、受凉：这主要是由于患者晚上睡觉时腹部遭受了寒冷刺激。当腹部受凉时，会致使腹部内壁的血管收缩，进而引发痉挛，于是就会出现早上起来肚子疼的状况。
二、肠道菌群失调：在肠道菌群失调时，会使患者肠道蠕动的速度加快，从而导致早上起来肚子疼。同时，可能还会因为肠道菌群失调而出现便秘、腹泻、口臭等症状。
三、急性肠胃炎：如果患者在前一天进食了不洁净的食物或者进食了具有刺激性的食物等，那么都会由于细菌或病毒等的刺激而产生肚子疼的症状。并且，还可能同时伴有恶心、呕吐、腹泻等表现。
此外，像缺血性肠病等其他情况也会致使患者早上起来肚子疼，所以建议患者一旦出现此症状应及时就医检查，明确病因后，在医生指导下进行相应的处理。
总结：早上起来肚子疼可能由多种原因引起，包括受凉、肠道菌群失调、急性肠胃炎等，还有其他一些疾病也可能导致，出现症状应及时就医明确并处理。