接种甲肝疫苗后，少数人可能出现不良反应。一般来说，接种后24小时内较易出现反应。常见的不良反应有局部反应，如接种部位可能出现红肿、疼痛，通常红肿直径多在2.5厘米以内，疼痛多为轻度，1-2天可自行缓解。
局部不良反应：
红肿情况： 多数人的接种部位红肿比较轻微，红肿范围一般在2.5厘米左右，一般不需要特殊处理，保持局部清洁干燥即可，1-2天会逐渐消退。疼痛表现： 接种后局部疼痛感觉较轻，大多人可以耐受，通常1-2天疼痛就会消失。
全身不良反应：
发热状况： 少数人可能出现发热，一般为低热，体温多在37.5-38.5℃之间，这种发热通常持续1-2天就会自行消退。不适感觉： 还可能出现乏力、头痛、头晕等不适，但一般症状比较轻微，不需要特殊治疗，注意休息，多喝温水，1-2天可自行恢复。
罕见不良反应：
过敏反应： 极个别可能出现过敏反应，如皮肤出现皮疹、瘙痒，严重的可能出现呼吸困难、面色苍白、心跳加快等症状。一旦出现过敏反应，需要立即就医进行处理。比如出现严重皮疹伴瘙痒，应尽快到医院就诊，医生可能会给予抗过敏药物治疗。其他罕见情况： 非常罕见的情况下，可能出现胃肠道不适，如恶心、呕吐、腹泻等，但发生概率极低。如果出现胃肠道不适且症状较明显，也需要及时就医评估处理。