薄芝糖肽注射主要用于治疗进行性肌营养不良、萎缩性肌强直，以及前庭功能障碍、高血压等引起的眩晕和植物神经功能紊乱、癫痫、失眠等，还可用于肿瘤、肝炎的辅助治疗。一般来说，它通过调节机体免疫功能等发挥作用。
对神经系统相关病症的作用
改善眩晕症状：薄芝糖肽注射能对前庭功能障碍引起的眩晕起到一定调节作用，可帮助缓解因该问题导致的不适，其作用机制与调节神经系统功能相关，能在一定程度上稳定前庭神经相关的功能状态。调节植物神经功能：对于植物神经功能紊乱，薄芝糖肽注射可参与调节植物神经的平衡，比如能改善因植物神经功能紊乱引发的一些相关症状，像可能出现的心慌、出汗异常等情况有一定的调节作用。
对肌肉相关病症的作用
治疗进行性肌营养不良：薄芝糖肽注射对进行性肌营养不良有一定的治疗辅助作用，它可以通过影响肌肉相关的细胞代谢等过程，有助于维持肌肉的正常功能，延缓病情的进展，在一定程度上改善肌肉萎缩等相关表现。缓解萎缩性肌强直：对于萎缩性肌强直患者，薄芝糖肽注射能参与调节肌肉的状态，帮助缓解肌肉强直等症状，促进肌肉功能的部分恢复，其作用涉及对肌肉组织中相关生理过程的调节。
对肿瘤及肝炎的辅助作用
肿瘤辅助治疗：薄芝糖肽注射在肿瘤辅助治疗方面，可能通过调节机体免疫功能来发挥作用，增强机体的免疫监视和免疫杀伤能力，从而辅助肿瘤的治疗过程，不过具体机制较为复杂，是通过多方面调节机体免疫来参与的。肝炎辅助治疗：在肝炎辅助治疗中，薄芝糖肽注射可以调节机体的免疫功能，改善机体对肝炎病毒的免疫应答情况，有助于促进肝炎患者的康复，帮助修复受损的肝脏相关组织，通过调节免疫来辅助肝炎的治疗进程。