胎儿畸形的最早查出时间与类型有密切关系。具体如下：
一、一般在孕12周进行NT检查时可观察到部分胎儿畸形情况，但也有部分畸形无法查出。NT检查是早期排查胎儿畸形的方式之一，不过其结果存在一定不确定性。
1.在孕中期24周左右和孕晚期32周左右还需做超声检查，以确定宝宝是否存在大的畸形。但超声难以检测出一些较小畸形和基因疾病，如胎儿六指等。
二、除了超声检查，还可通过唐筛、无创DNA检测以及羊水穿刺等方式对胎儿染色体进行检查，同样能排查胎儿是否存在畸形。
总之，孕妇务必做好定期产检工作，一旦发现异常能及时进行相应治疗。