月经第三天痛经可能的原因包括不良饮食习惯、子宫腺肌病、子宫内膜异位症等。具体如下：
一、不良饮食习惯。月经期间若食用了辛辣刺激食物，如辣椒等，或食用了生冷食物，如冷饮等，这些食物会刺激子宫内膜，使得经血回流变慢，从而导致在月经第三天出现痛经表现。此时，应及时调整饮食习惯，避免进食这类食物，通常这种痛经现象会逐渐缓解消失。
二、子宫腺肌病。这是一种子宫内膜腺体和间质侵入子宫肌层的疾病，会影响子宫内膜正常功能，造成患者月经周期异常，且在月经后期或第三天会有明显痛经等不良状况。可及时采用药物如孕三烯酮胶囊、布洛芬等进行治疗。
三、子宫内膜异位症。由于患者子宫内膜脱落速度加快，伴随出血量增多，会促使子宫收缩加快，进而出现月经第三天痛经的情况。可使用阿司匹林、吲哚美辛等药物进行治疗。
总之，月经第三天痛经可能由多种原因引起，需要根据具体情况进行诊断和治疗。