胎儿亲子鉴定的准确性较高，目前常用的胎儿亲子鉴定方法有绒毛取样亲子鉴定和羊水穿刺亲子鉴定等，准确率能达到99.99%以上。
绒毛取样亲子鉴定
取样时间： 一般在怀孕10~14周进行。这个时期胎盘已经形成，通过取少量绒毛组织进行检测。样本采集： 是在B超引导下，用细针穿刺抽取绒毛组织，相对来说操作有一定风险，可能会导致流产，流产风险约在0.5%~1%左右。
羊水穿刺亲子鉴定
取样时间： 通常在怀孕16~24周进行。此时羊水较多，胎儿漂浮在羊水中，抽取少量羊水不会对胎儿造成太大影响。样本采集： 也是在B超定位下，用穿刺针抽取适量羊水，穿刺过程中可能出现感染等情况，感染概率较低，约为0.1%左右，但能准确进行亲子鉴定。
无创胎儿亲子鉴定
取样时间： 怀孕6周以上就可以进行。这是相对较新的技术，通过采集孕妇外周血，利用新一代DNA测序技术对游离DNA片段进行测序分析，从而判断胎儿与疑似父亲的亲缘关系。样本采集： 只需要抽取孕妇外周血，对孕妇和胎儿没有创伤，检测准确率同样能达到99.9%以上，而且安全性高，不会增加流产等风险。不过这种方法费用相对较高，一般在几千元不等。