清晨醒来咳嗽厉害且有痰，可通过一般治疗、药物治疗等方式缓解症状，这需根据具体引发原因来判断，常见于经常吸烟、上呼吸道感染、急性支气管炎等，要依据这些原因选取针对性方法处理。
一、经常吸烟
如果患者有长期吸烟的不良习惯，烟草里的尼古丁、焦油等有害成分会对支气管黏膜组织细胞以及肺泡组织形成刺激，导致支气管黏膜组织细胞以及细胞组织受损，进而出现咳嗽、咳痰等表现。此时，建议患者一定要戒烟，以减少烟草中有害物质对呼吸系统造成的刺激。
二、上呼吸道感染
可能由于长期处在寒冷环境中、受到细菌病毒感染等因素，对上呼吸系统黏膜组织细胞产生刺激，引发上呼吸道黏膜组织炎症反应，形成此类疾病。当出现咳嗽症状时，可遵医嘱使用蛇胆川贝枇杷膏、止咳糖浆等药物进行改善。
三、急性支气管炎
可能是细菌病毒感染、周围环境冷空气过强、身体过度疲劳等因素影响，致使支气管防御功能受影响，引发的一种气管炎症反应，从而造成醒来后经常咳痰、呼吸急促、稍微活动就气喘吁吁等症状。可按医嘱使用头孢克肟分散片、头孢拉定胶囊等药物进行改善。
此外，也有可能是慢性支气管炎疾病发作导致，建议根据具体原因选择药物治疗，以改善病情。
总之，对于清晨醒来咳嗽有痰的情况，要明确原因后采取合适的治疗措施。同时，在日常生活中要注意保护呼吸系统，如避免吸烟、减少接触有害气体等。