小孩打完疫苗发烧39度，应立即进行退热处理，并密切观察病情变化。部分孩子接种疫苗后会有发热现象，通常在接种后2天至3天内出现，多数在24小时内发生，除发热外无其他症状。当孩子发烧达39度时：
一、可给予退热药物，2个月以上孩子能用对乙酰氨基酚，6个月以上孩子可用布洛芬，若退热效果不佳可配合物理降温，比如温水擦浴、使用退热贴等。
1.对乙酰氨基酚：适合2个月以上孩子使用，能有效帮助退热。
2.布洛芬：可供6个月以上孩子选择，有较好的退热作用。
(1)温水擦浴：通过温水擦拭身体来帮助散热。
(2)退热贴：可贴于额头等部位辅助降温。
二、还要注意与其他原因引起的发热进行鉴别，一般接种疫苗后的发热2天至3天内会逐渐好转，多为中低度热，若孩子持续发热且无好转，或伴有咳嗽、流涕、呕吐、腹泻等症状，表明是其他原因导致的发热，此时需及时去医院就诊。
总之，小孩打完疫苗发烧39度要及时恰当处理，同时准确判断发热原因，以便采取正确的应对措施。