支原体感染有的难治，但多数并不难，且绝大多数能够治愈。
一、可治愈的支原体感染
支原体属于非细菌或病毒的病原微生物，其基因易变异，会对抗生素药物产生耐药现象从而影响治疗效果。所以在治疗用药前，要规范采集病变部位的分泌物标本，像是痰液、尿道口分泌物、阴道分泌物等，进行支原体培养和药敏试验检查，然后依据药敏结果来选用对支原体敏感的药物予以治疗。
二、难治的支原体感染
其难治原因主要有：自己随意选择或使用抗菌药物治疗、过早停用药物或者不规范用药。因为对支原体不敏感的药物，杀灭力度不足，无法完全灭活支原体，或者停药过早，容易使支原体再度复活而对药物无效，故而难以治愈。此外，若是夫妻感染，对方未诊治或在未治愈前仍进行无防护措施的性生活，就会反复感染，从而演变成难治的支原体感染情况。如果明确是支原体感染，在药敏结果未出来之前可以先经验性用药，常用的药物包括阿奇霉素、罗红霉素、克拉霉素、强力霉素等，一旦检查结果出来后要立即根据药敏结果调整用药方案。
总之，支原体感染绝大多数不难治愈。