长期肚子疼腹泻可能由多种原因引起。比如炎症性肠病，像溃疡性结肠炎，病程较长，可能会反复发作肚子疼、腹泻，有的患者病程能持续数月甚至数年。
肠道感染性疾病
细菌感染： 比如慢性细菌性痢疾，是由痢疾杆菌引起的肠道感染，患者会反复出现腹痛、腹泻，大便多为黏液脓血便，病程超过2个月就属于慢性。病毒感染： 如轮状病毒感染后，部分免疫力较弱的人群可能转为慢性，出现长期的肚子疼、腹泻症状，尤其在儿童中可能会持续数周。
肠道非感染性疾病
肠易激综合征： 这是一种常见的功能性肠病，多见于20 - 50岁人群，女性相对多见。患者会有腹痛、腹泻症状，疼痛部位多在下腹部，排便后可缓解，还可能伴有腹胀、排便习惯改变等情况，病程常超过6个月。结直肠肿瘤： 比如结肠癌，早期可能症状不明显，随着病情进展会出现腹痛、腹泻，还可能伴有便血、体重下降等，一般多见于40岁以上人群，发病几率会随年龄增长而增加。
全身性疾病影响
甲状腺功能亢进： 甲状腺激素分泌过多，会加快肠道蠕动，导致患者出现肚子疼、腹泻，还可能伴有心慌、多汗、消瘦等症状，这种情况可能持续较长时间，若甲状腺功能亢进未得到有效控制，腹泻等症状会长期存在。糖尿病： 糖尿病性肠病是糖尿病的并发症之一，患者可出现腹泻与便秘交替、肚子疼等症状，病程较长，若血糖控制不佳，腹泻等症状会反复出现。