高密度脂蛋白胆固醇偏低可能由多种原因引起。一般来说，遗传因素可能导致部分人天生高密度脂蛋白胆固醇偏低，有研究显示约10%的人存在这种遗传性的代谢异常。
生活方式因素
饮食方面：长期摄入高脂肪、高糖食物，会影响脂质代谢，进而导致高密度脂蛋白胆固醇偏低。比如，经常大量食用油炸食品、奶油蛋糕等，其中的高脂肪、高糖成分会干扰体内正常的血脂代谢过程。运动不足：缺乏运动的人群，身体的新陈代谢减缓，不利于高密度脂蛋白胆固醇的合成与代谢。一般建议每周至少进行150分钟的中等强度有氧运动，如快走、慢跑等，若长期不运动，就容易出现高密度脂蛋白胆固醇偏低的情况。
疾病因素
肝脏疾病：患有肝炎、肝硬化等肝脏疾病时，会影响脂蛋白的合成与代谢，从而导致高密度脂蛋白胆固醇水平降低。例如，肝硬化患者的肝脏功能受损，影响了脂质的正常代谢途径。内分泌疾病：像糖尿病患者，由于体内糖代谢紊乱，会波及脂质代谢，使得高密度脂蛋白胆固醇偏低。糖尿病会干扰脂肪的分解和合成平衡，进而影响高密度脂蛋白胆固醇的水平。
其他因素
年龄与性别：随着年龄增长，高密度脂蛋白胆固醇水平有下降趋势，中老年人群相对更易出现偏低情况；女性在绝经前由于雌激素的保护作用，高密度脂蛋白胆固醇水平一般高于男性，绝经后雌激素水平下降，其水平会逐渐接近男性，甚至偏低。吸烟：吸烟会损害血管内皮细胞，影响脂蛋白的代谢，导致高密度脂蛋白胆固醇降低。香烟中的有害物质会干扰体内的脂质代谢过程，长期吸烟的人往往更容易出现高密度脂蛋白胆固醇偏低的状况。