新生儿黄疸高主要与胆红素代谢特点有关。新生儿出生后，胆红素生成相对较多，约为成人的2倍，且肝细胞对胆红素的摄取能力不足，约为成人的1/2，同时肝脏葡萄糖醛酸转移酶活性较低，仅为成人的1%~2%，使得结合胆红素的能力受限，从而容易出现黄疸高的情况。
胆红素生成过多方面
红细胞数量多及寿命短： 新生儿出生时红细胞数量较多，出生后过多的红细胞被破坏，产生胆红素。正常足月儿出生后第一周，每千克体重每天胆红素产生约8.8mg，而成人仅为3.8mg。血红蛋白分解速度快： 新生儿血红蛋白半衰期短，约70~90天，而成人血红蛋白半衰期约120天，所以血红蛋白分解产生胆红素的速度更快。
肝脏处理胆红素能力不足方面
摄取胆红素能力弱： 新生儿肝细胞内Y、Z蛋白含量低，出生后5~10天才达到成人水平，导致摄取胆红素的能力不足，使得未结合胆红素不能及时被摄取。结合胆红素能力差： 肝脏中尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶（UDPGT）活性低下，且活性在生后1周内才逐渐增加，所以对胆红素的结合能力较差，不能将未结合胆红素有效转化为结合胆红素排出体外。
肠肝循环特点方面
肠道菌群尚未完全建立： 新生儿肠道内正常菌群尚未完全建立，导致肠道内的β - 葡萄糖醛酸苷酶活性较高，该酶可将结合胆红素水解成未结合胆红素，又重新被肠道吸收进入肝肠循环，致使血中未结合胆红素增加。胎便排出延迟： 胎便中含有较多的胆红素，若胎便排出延迟，会使胆红素重吸收增加，从而加重黄疸。正常情况下，足月儿胎便在生后2~3天排完，若延迟可能影响胆红素的代谢。