皮下囊肿的治疗方式需根据具体情况而定，一般较小且无症状的皮下囊肿可先观察，而较大或有症状的可能需要手术切除。
观察等待情况
对于一些很小的皮下囊肿，比如直径在1厘米以内，且没有任何不适症状，不影响外观和日常生活的，可选择观察等待。但要定期留意囊肿的变化，如大小、颜色、是否有红肿疼痛等情况。如果在观察期间，囊肿没有明显变化，可能长期维持现状；但如果发现囊肿逐渐增大，就要考虑进一步治疗。
手术治疗情况
- 手术时机选择：当皮下囊肿较大，直径超过2厘米，或者影响到外观，比如长在面部等显眼部位，又或者囊肿出现疼痛、红肿、感染等情况时，通常需要手术切除。手术一般在局部麻醉下进行，操作相对简单。术后需要注意伤口护理，保持伤口清洁干燥，一般7 - 10天左右拆线。
- 术后注意事项：术后要避免剧烈运动，防止伤口裂开。饮食上要注意避免吃辛辣、刺激性食物，如辣椒、生姜等，以免影响伤口愈合。同时，要按照医生的要求按时换药，观察伤口愈合情况。如果出现伤口渗血、红肿加剧等异常情况，要及时就医。
非手术的其他治疗情况
- 激光治疗：对于部分较小的皮下囊肿，也可以考虑激光治疗。激光治疗的原理是利用激光的能量破坏囊肿组织。但激光治疗可能需要多次进行，而且对于较大的囊肿不太适用。在激光治疗后，局部皮肤会有一定的损伤，需要注意防晒，避免阳光直射导致色素沉着。一般激光治疗后1 - 2周，局部皮肤会逐渐恢复，但要避免搔抓治疗部位。
- 穿刺抽液：对于一些潴留性囊肿，比如皮脂腺囊肿继发感染前形成的潴留液，可以尝试穿刺抽液。但是单纯穿刺抽液容易复发，因为囊肿的囊壁仍然存在，还会继续分泌液体。所以穿刺抽液后可能还需要结合其他治疗方法，比如在抽液后向囊腔内注入药物，抑制囊壁分泌。不过这种方法的复发率相对较高，临床应用相对较少。