小孩脚底有红点但不是皮肤表面，可能是以下原因引起：
1.手足口病：由肠道病毒引起的急性发热出疹性传染病，以手、足、口腔等部位散发性皮疹和疱疹为主要特征。多数患儿一周左右自愈，少数患儿可引起心肌炎、肺水肿、无菌性脑膜脑炎等并发症。
2.过敏性紫癜：属于血管变态反应性出血性疾病，可能与链球菌感染、病毒感染、药物、食物、虫咬等有关。临床特点为血小板不减少性紫癜，常伴有关节肿痛、腹痛、便血、血尿和蛋白尿等症状。
3.猩红热：为A组溶血性链球菌感染引起的急性呼吸道传染病。其临床特征为发热、咽峡炎、全身弥漫性鲜红色皮疹和疹退后明显的脱屑。少数患者患病后由于变态反应而出现心、肾、关节的损害。
4.川崎病：是一种以全身血管炎变为主要病理的急性发热性出疹性小儿疾病。高发年龄为5个月至5岁，男多于女，成人及3个月以下婴儿少见。临床多表现可有发热、皮疹、颈部非脓性淋巴结肿大、眼结合膜充血、口腔黏膜充血、杨梅舌、掌跖红斑、手足硬性水肿等。
由于能够引起小孩脚底有红点但不是皮肤表面的原因较多，且部分疾病可能会对小孩的健康造成较大影响，因此建议及时带小孩前往医院就诊，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。