羊水栓塞目前难以完全预防。据统计，羊水栓塞的发生率约为4-6/10万，但它起病急骤、病情凶险，很难完全杜绝。
发病机制相关因素难控
羊水栓塞是因羊水及其内容物进入母体血液循环引起的严重综合征，其发生与多种因素有关，但有些因素目前难以干预。比如，羊膜腔内压力过高时，如多胎妊娠、巨大胎儿等情况，羊水更易挤入破损的微血管，但这些妊娠相关的个体差异很难完全避免。另外，胎膜破裂时，如人工破膜、前置胎盘等情况，也增加了羊水进入母体循环的机会，而这些产科情况有时是难以提前完全预防的。
医疗监测局限性
在分娩过程中，虽然医护人员会密切监测，但羊水栓塞的发生具有突发性。即使医护人员全力监测，也不能保证在羊水栓塞发生前100%发现并阻止。例如，在产程中，胎心监护等监测手段能及时发现胎儿宫内情况，但对于羊水突然进入母体循环引发的一系列病理生理变化，有时难以在极短时间内精准预判并完全阻断。
个体体质差异影响
不同产妇的体质对羊水栓塞的易感性不同。有些产妇可能本身存在一些潜在的凝血功能等方面的微小异常，在接触羊水相关成分时，更容易触发严重的全身炎症反应等病理过程，而这些个体体质的差异目前很难在产前完全排查并针对性完全预防。