孕六周有褐色分泌物，可能由子宫内膜脱落、妇科炎症感染、宫外孕、先兆流产、胚胎停育等导致。具体如下：
一、孕囊着床出血：在孕囊着床早期，可能会使子宫内膜血管破裂，进而造成少量阴道流血，若血液缓慢排出，就可能出现褐色分泌物现象。通常在怀孕三个月后，随着孕激素水平逐渐稳定，出血现象会慢慢停止，褐色分泌物也一般不会再出现。
二、妇科炎症感染：若孕妇患有盆腔炎、阴道炎、宫颈炎等妇科炎症感染病症，会有褐色分泌物出现。此时的分泌物可能还伴有异味。需及时前往医院检查，可在医生指导下使用如甲硝唑、制霉菌素等药物进行治疗。
三、宫外孕：宫外孕会引发阴道出血，所以褐色分泌物可能是出血导致。孕妇可到医院进行B超检查以判断是否为宫外孕，若是宫外孕则要听从医生建议尽早停止妊娠。
四、先兆流产：孕六周出现褐色分泌物也有可能是先兆流产引起。孕妇可进行孕酮检查，若孕酮较低，可能是先兆流产，可在医生指导下服用黄体酮、地屈孕酮等药物进行治疗。
五、胚胎停育：胚胎发育不良，无胚芽和心管搏动即被诊断为胚胎停育。这类患者常伴有腹痛或阴道少量流血，颜色可为鲜红或暗红。一旦确诊胚胎停育，应及时进行人工流产手术。
总之，孕六周出现褐色分泌物可能是多种原因导致的，应根据具体情况进行相应的检查和治疗。