肛门疣主要由感染人乳头瘤病毒所致，可通过外用及口服药物来治疗，如重组人干扰素α2b凝胶、咪喹莫特乳膏、转移因子口服溶液、匹多莫德口服溶液、香菇菌多糖片等。还可采用冷冻、电离子术、二氧化碳激光等方式。具体如下：
一、外用药物
1.重组人干扰素α2b凝胶：其主要成分是重组人干扰素α-2b，能与细胞表面的特异性膜受体结合，具备广谱抗病毒、抑制细胞增殖以及调节免疫等作用。
2.咪喹莫特乳膏：主要成分为咪喹莫特，适用于成人外生殖器疣和肛门疣、尖锐湿疣，但其治疗生殖器疣或肛周疣的具体作用机制并不明确。
二、口服药物
1.转移因子口服溶液：可用于某些抗生素难以控制的病毒性或霉菌性细胞内感染的辅助治疗，能够增强或抑制体液免疫和细胞免疫功能，对缓解肛门疣有帮助。
2.匹多莫德口服溶液：属于全合成的免疫刺激调节剂，通过刺激非特异性自然免疫、体液免疫和细胞免疫产生效应，对缓解肛门疣有一定作用。
3.香菇菌多糖片：是免疫增强剂，可通过激活机体的免疫系统，增强宿主抗病毒、抗肿瘤及细菌感染的能力，从而有利于缓解肛门疣。
此外，还可配合使用鬼臼毒素酊等。而冷冻疗法是涂抹液态氮使疣体坏死、脱落；电离子术是把疣体烧掉；二氧化碳激光也是将疣体烧掉。
总之，治疗肛门疣有多种药物和方法可供选择，可根据具体情况进行综合运用。