怀孕40多天时流产多数是由于胚胎自身的原因，如存在严重的染色体疾病、遗传性疾病会导致胚胎质量差而容易引发流产，这是自然淘汰，即便少数妊娠到足月也会有畸形或功能缺陷。同时，怀孕40天处于胚胎刚着床不久，若女性剧烈运动、过于劳累、精神压力大、同房等，或孕酮水平低、子宫内膜薄致宫腔营养供应不足，都可能引发流产。
一、关于胚胎自身原因导致流产：
1.若胚胎形成后有严重的染色体疾病、遗传性疾病，其本身质量欠佳，这就为胚胎发育不良埋下隐患，进而导致流产的发生。这种流产是一种自然选择的过程，那些存在严重问题的胚胎被淘汰掉。
2.即使有少数这样的胚胎能够妊娠到足月，出生后也往往会伴有畸形或存在功能缺陷，对胎儿的未来健康有很大影响。
二、关于怀孕40天左右时其他因素引发流产：
1.这个阶段胚胎刚着床不久，此时女性进行剧烈运动，可能直接影响到胚胎的稳定性，从而引发流产。
2.女性过于劳累会使身体处于疲惫状态，无法为胚胎提供良好的孕育环境，增加流产风险。
3.精神压力大可能导致女性体内激素水平失衡，对胚胎发育产生不利影响，容易引起流产。
4.怀孕早期同房也可能刺激子宫，引起子宫收缩等情况，进而导致流产。
5.孕酮水平低会使胚胎难以获得足够的支持来生长发育，易引发先兆流产。
6.子宫内膜较薄会导致宫腔内的营养供应不足，不能满足胚胎的生长需求，从而出现有先兆流产的状况。
总之，怀孕40多天时流产的原因较为复杂，既可能是胚胎自身存在严重问题，也可能是由于女性在这个阶段的一些不当行为或自身身体状况不佳所导致。