幽门螺杆菌治愈后存在复发可能，原因包括未足量足疗程服药、细菌产生耐药以及再次感染。
一、未足量足疗程服药：目前抗幽门螺旋杆菌主要采用四联根治疗法，包含一种质子泵抑制剂、一种铋剂和两种抗生素，需连续口服14天，停药30天后进行幽门螺旋杆菌检测以明确杀菌是否成功。若服药期间有间断、服药量不足，或在检查30天内服用抗生素、抑酸药物等，都可能导致结果假阴性而误以为治愈，进而出现复发情况。所以，仅治疗后复查一次呼气试验不能完全确定细菌已百分百清除，一般根治后3年复查呼气试验结果阴性才表示完全治愈。
二、细菌产生耐药性：中国地区幽门螺旋杆菌对抗生素耐药率较高，即便较好的方案也可能有10%至20%的失败率。在清除幽门螺旋杆菌后，可能有产生耐药性的细菌再次引发感染，此时细菌较难完全清除，需要更换抗生素再次进行治疗。
三、再次感染：幽门螺旋杆菌有一定传染性，主要通过消化道传播。即便既往感染已治愈，仍可能再次感染。所以日常生活中应尽量减少在餐馆就餐，提倡使用公筷；家中有幽门螺旋杆菌感染者，应避免与其共餐并定期给餐具消毒；同时避免与他人共用毛巾、水杯、牙刷等私人物品。
总之，幽门螺杆菌治愈后的复发问题需要引起重视，要注意避免上述导致复发的因素。