原发性闭经能否根治取决于病因。一般来说，部分由先天发育异常等明确病因且能针对性治疗的情况有根治可能，但并非所有原发性闭经都能完全根治。比如因处女膜闭锁、阴道闭锁等器质性梗阻导致的原发性闭经，通过手术矫正后，有恢复月经的可能；而由先天性卵巢发育不全（如特纳综合征）引起的原发性闭经，目前较难完全根治，因为患者的染色体异常是先天的，只能通过激素替代疗法来维持第二性征和月经周期等，但不能从根本上改变染色体异常的情况。
病因不同治疗有别
染色体异常相关病因
如果是先天性卵巢发育不全等染色体异常导致的原发性闭经，由于染色体异常是与生俱来的，目前医学手段很难完全纠正染色体的问题来让月经恢复正常的生理状态。这类患者往往需要长期依靠外源性激素来模拟正常的月经周期，比如需要周期性补充雌激素和孕激素，以维持女性的第二性征，像乳房发育等，但这并不是从根本上根治了原发性闭经，而是通过激素替代来改善相关症状。
器质性梗阻病因
- 处女膜闭锁：处女膜闭锁会阻碍经血排出，从而导致原发性闭经。通过手术将闭锁的处女膜切开，使经血能够正常排出，术后月经通常可以恢复正常，达到临床治愈的效果，也就是从病因上解决了问题，实现了根治。
- 阴道闭锁：阴道闭锁也会引起经血潴留和原发性闭经，通过手术重建阴道结构，让经血能够顺利排出，大部分患者在手术后月经可以恢复正常，达到根治的目的。
内分泌异常病因
- 垂体病变：垂体肿瘤等垂体病变可能会影响激素的分泌，进而导致原发性闭经。如果是垂体肿瘤引起的，需要根据肿瘤的性质、大小等情况进行相应治疗，比如药物治疗或手术切除肿瘤等。如果肿瘤得到有效治疗，内分泌功能恢复正常，月经有可能恢复正常，实现一定程度的根治；但如果垂体损伤严重，即使治疗后内分泌功能也难以完全恢复，可能需要长期激素替代治疗。
- 下丘脑病变：下丘脑功能异常导致的原发性闭经，比如下丘脑肿瘤、先天性下丘脑发育异常等。对于下丘脑肿瘤引起的，手术切除肿瘤后，下丘脑功能可能恢复，月经随之恢复；而先天性下丘脑发育异常导致的，治疗相对困难，可能需要长期的内分泌调节治疗来维持月经相关的生理功能，但很难完全根治。