窦性心律失常的病因较多，其中生理因素较为常见，比如健康人可出现呼吸性窦性心律失常，尤其是儿童和青少年较为多见。另外，一些病理情况也会引发窦性心律失常，像心脏方面的疾病，如冠心病、心肌病等；还有全身性疾病，例如发热、甲状腺功能亢进等也可能导致窦性心律失常。
一、生理因素相关
1. 呼吸影响： 呼吸性窦性心律失常与呼吸密切相关，在吸气时心率会增快，呼气时心率会减慢，这是因为呼吸时自主神经功能发生变化引起的，一般这种情况属于正常生理现象，多见于青少年群体。2. 神经调节： 自主神经功能的波动也可能导致窦性心律失常，比如情绪突然变化时，交感神经和迷走神经的平衡被打破，就可能出现窦性心律的改变。比如人在紧张、兴奋等情绪波动较大时，可能会出现短暂的窦性心律失常。
二、心脏疾病相关
1. 冠心病： 冠状动脉发生粥样硬化等病变，导致心肌缺血缺氧时，心脏的电活动可能会受到影响，从而引发窦性心律失常。冠心病患者由于心肌供血不足，心脏的正常节律可能被打乱，出现窦性心律的异常。2. 心肌病： 各种原因引起的心肌病，像扩张型心肌病、肥厚型心肌病等，会影响心肌的结构和功能，进而影响心脏的节律，导致窦性心律失常的发生。例如扩张型心肌病患者，心肌收缩力减弱，心脏的电传导系统也可能出现异常，引发窦性心律失常。
三、全身性疾病相关
1. 发热： 当人体发生感染等情况引起发热时，体温每升高1℃，心率大约会增快10 - 20次/分钟，长时间的发热会影响心脏的节律，导致窦性心律失常。比如一个人因细菌感染发热至38.5℃以上，就有可能出现窦性心律的改变。2. 甲状腺功能亢进： 甲状腺功能亢进时，甲状腺激素分泌过多，会使机体代谢加快，心脏负担加重，影响心脏的正常节律，引发窦性心律失常。甲状腺功能亢进患者体内甲状腺激素水平异常，会对心脏的电活动产生影响，导致窦性心律出现异常情况。