男生阴茎短小的情况，医学上有几种常见的处理方式。一般来说，成年男性阴茎勃起后长度小于3厘米，疲软时长度小于1厘米，可能被认为是阴茎短小。对于阴茎短小的治疗，主要有以下几方面情况。
非手术干预情况
观察与心理调节：
有些男生的阴茎短小可能是个体差异导致，而且心理因素也很重要。如果阴茎长度在正常范围内的低限，但不影响正常的性生活和生育等功能，首先要进行心理调节，避免过度焦虑。因为心理压力过大可能会进一步影响性功能等方面。
生活方式调整：
保持健康的生活方式对生殖系统健康有帮助。比如要保证充足的睡眠，每天尽量保证7 - 8小时的高质量睡眠，睡眠不足可能会影响激素分泌等。同时要适度运动，每周进行至少150分钟的中等强度有氧运动，像快走、慢跑等，运动可以促进血液循环，对生殖系统的健康有一定益处，但运动对阴茎短小本身的直接治疗作用有限，主要是维持整体健康状态。
手术治疗情况
阴茎延长术：
阴茎延长术是一种通过手术方式来增加阴茎长度的方法。手术原理是切断阴茎悬韧带，将隐藏在体内的部分阴茎海绵体释放出来，从而达到延长阴茎的目的。不过这种手术有一定的适应人群，一般适用于阴茎发育不良、阴茎外伤后部分缺失等情况的成年男性。手术有一定的风险，比如可能会影响阴茎的感觉、勃起功能等，而且手术效果也不是绝对的，术后阴茎延长的长度一般在3 - 5厘米左右，但也存在个体差异。
阴茎增粗术：
对于同时存在阴茎短小和阴茎较细情况的男生，还可以考虑阴茎增粗术。常见的增粗方法有自体脂肪移植增粗术，就是从身体其他部位抽取脂肪，经过处理后移植到阴茎部位；还有人工材料植入增粗术，比如使用硅胶等假体材料植入来增粗阴茎。自体脂肪移植增粗术可能存在脂肪吸收的问题，效果不是完全持久；人工材料植入增粗术则需要考虑材料的相容性等问题，也有一定的手术风险，如感染、排异反应等。
药物治疗情况
目前并没有被广泛认可的可以有效治疗阴茎短小的口服药物。一些所谓的“壮阳”药物等，大多是夸大宣传。因为阴茎的发育主要在青春期，青春期后阴茎的大小基本定型，靠药物来改变阴茎短小的情况效果有限。而且滥用一些不正规的药物还可能会对身体造成损害，比如影响肝肾功能等。所以不建议男生自行使用药物来治疗阴茎短小，尤其是没有经过科学验证的药物。