肺真菌感染和结核感染的病原体不同。肺真菌感染是由真菌引发的肺部炎症，真菌包含念珠菌（如念珠菌肺炎）、曲霉菌（如曲霉菌肺炎）、肺炎球菌（如肺炎球菌病），还有少见的马尔尼菲青霉菌病、皮炎芽生菌等都能导致肺部真菌感染。而肺结核是革兰阳性的特殊细菌，细胞较小，属于原核生物，且具有传染性。二者的治疗都较为复杂。肺真菌好发于免疫功能较差的病人，属于获得性感染，当病人条件性免疫力低下时容易感染，真菌有完整的细胞核。肺真菌病和肺结核的共同之处在于两者都比较难治愈，且用药时间都较长。
一、肺真菌感染：
1.是由多种真菌引起的肺部炎症。
(1)包括念珠菌等。
(2)曲霉菌等。
(3)肺炎球菌等。
(4)少见的如马尔尼菲青霉菌病、皮炎芽生菌等。
2.好发于免疫功能差的人群，为获得性感染。
二、肺结核：
1.是革兰阳性的特殊细菌。
2.细胞小，属于原核生物，具有传染性。
三、两者的共同点：
1.都比较难治。
2.用药时间长。
总之，肺真菌感染和结核感染在病原体、好发人群等方面存在差异，但在治疗难度和用药时长方面有相似之处。