射精时小肚子疼痛，可能与以下几种原因有关。
1.肌肉痉挛：射精时，男性的会阴部、小腹、腰骶部肌肉会发生节律性收缩，可能引起痉挛性疼痛。
2.前列腺炎：前列腺位于小腹部，与射精过程密切相关。当前列腺发生炎症时，射精可能刺激炎症部位，引起小肚子疼痛。
3.精囊炎：精囊位于前列腺后上方，与射精过程也有密切关系。精囊炎时，射精可能刺激精囊，引起小腹部疼痛。
4.其他：精索静脉曲张、附睾炎、输精管炎等疾病，也可能导致射精时小肚子疼。
需要注意的是，如果这种疼痛持续存在或频繁发生，或者伴有其他症状，如尿频、尿急、尿痛、血精等，应及时就医，进行详细的检查和诊断，以确定具体原因，并采取相应的治疗措施。