肛门退烧栓可能会有一些副作用。一般来说，使用肛门退烧栓后，少数人可能会出现局部不适，比如肛门有轻微的坠胀感等。
药物成分相关副作用
对成分过敏者： 不同的肛门退烧栓成分不同，比如有的含对乙酰氨基酚，个别对乙酰氨基酚过敏的人使用后可能会出现过敏反应，像皮肤瘙痒、皮疹等情况。但这种情况相对较少见，发生率大概在千分之几。
局部使用相关副作用
刺激直肠黏膜： 频繁或不当使用肛门退烧栓可能会刺激直肠黏膜，导致直肠黏膜轻微损伤，出现少量便血的情况，但一般量很少，很快能恢复。而且如果插入时过于粗暴，还可能会引起肛门周围的疼痛，不过这种情况通过正确使用可以避免。
全身方面的副作用
影响肝肾功能： 长期或大量使用某些肛门退烧栓可能会对肝肾功能有一定影响。不过正常按照推荐剂量短期使用，对大多数人来说，肝肾功能受损的风险很低。例如短期使用对乙酰氨基酚成分的肛门退烧栓，正常剂量下，只有极少数存在肝肾功能基础疾病的人可能会受到影响，发生率非常低。另外，儿童使用肛门退烧栓时需要特别注意，因为儿童的直肠黏膜比较娇嫩，使用不当更容易出现局部刺激等副作用。所以儿童使用肛门退烧栓时，一定要在成人监护下，按照正确的方法使用，并且要严格遵循医嘱的剂量和使用频率。