紧急避孕药可能会带来一些危害，比如可能会导致月经紊乱，一般在服用后的1~2个月内，约有10%的女性月经周期会发生改变，提前或推迟。
对月经的影响
月经提前： 服用紧急避孕药后，体内激素水平的波动可能会使子宫内膜提前脱落，导致月经比正常周期提前到来。月经推迟： 也有部分女性会出现月经推迟的情况，如果月经推迟超过1周，需要排除怀孕的可能。
对肠胃的刺激
恶心呕吐： 服用紧急避孕药后，约有50%的女性可能会出现恶心的症状，其中大约20%会伴有呕吐。一般在服药后的几小时内出现，症状的严重程度因人而异。肠胃不适： 除了恶心呕吐外，还可能出现肠胃不适的感觉，如腹痛、腹胀等，但这种情况相对恶心呕吐来说发生概率稍低一些。
对内分泌的干扰
激素失衡： 紧急避孕药含有较高剂量的孕激素，会影响体内正常的激素平衡。长期或频繁使用可能会对内分泌系统造成持续的干扰，影响卵巢的正常排卵功能等。例如，频繁使用紧急避孕药的女性，可能会出现内分泌失调相关的皮肤问题，如痤疮等。影响后续排卵： 它可能会打乱正常的排卵周期，使排卵时间不规律，从而影响受孕的时间和几率。不过这种影响通常是暂时的，一般在停药后1~3个月会逐渐恢复正常的排卵功能。