治疗灰指甲常用的药物主要有口服药和外用药。口服药方面，伊曲康唑是比较常用的，它属于广谱抗真菌药，一般采用冲击疗法，服用一定疗程后可抑制真菌生长。外用药物的话，阿莫罗芬搽剂较为常见，每周使用1 - 2次，能在一定程度上抑制甲板真菌。
口服抗真菌药
伊曲康唑：它通过抑制真菌细胞色素P450酶系统，影响真菌细胞膜合成，从而发挥抗真菌作用。使用时需遵循冲击疗法，比如冲击治疗甲癣时，每次200mg，每天2次，连服1周，停药3周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。不过，肝功能异常者要慎用伊曲康唑。特比萘芬：能特异性抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻断真菌细胞膜合成过程。口服特比萘芬治疗灰指甲，通常体重小于50kg的患者，每天服用250mg，体重大于等于50kg的患者每天服用500mg，连续服用12周 - 16周。但有严重肝肾功能不全的患者要谨慎使用特比萘芬。
外用抗真菌药
阿莫罗芬搽剂：它是局部外用的吗啉类抗真菌药，能干扰真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌代谢。使用时先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹于病甲上，每周使用1 - 2次。一般需要连续使用6个月左右，对于严重的灰指甲可能需要更长时间。不过，对阿莫罗芬过敏者禁用。环吡酮胺乳膏：通过改变真菌细胞膜的完整性，引起细胞内物质外流，并阻断其RNA和蛋白质的合成来发挥抗真菌作用。外用时涂抹于病甲及周围皮肤，每天1 - 2次。使用过程中如果出现局部刺激症状，如红肿、烧灼感等，应停止使用。
联合用药情况
在一些比较严重的灰指甲病例中，可能会考虑口服药和外用药联合使用。比如口服伊曲康唑的同时，配合外用阿莫罗芬搽剂，这样可以提高治疗效果。但联合用药时要注意药物之间的相互作用以及对肝肾功能的影响，用药过程中需要定期监测肝功能等指标。
特殊人群注意事项
对于孕妇和哺乳期女性，一般不建议使用治疗灰指甲的口服药物，因为这些药物可能会对胎儿或婴儿产生不良影响。儿童使用治疗灰指甲药物时也需谨慎，通常不推荐儿童使用口服抗真菌药治疗灰指甲，外用药物使用时也需要在成人监护下进行，避免儿童误服。