怀孕四十天时下面有咖啡色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕初期，胚胎在子宫内着床时，可能会引起子宫轻微收缩，导致少量出血，血液在子宫内停留时间较长，就会呈现咖啡色。此外，孕妇过度劳累、孕酮水平低等也可能导致先兆流产。如果出现阵发性下腹痛或腰背疼痛，伴有阴道少量流血，常为暗红色或血性白带，提示先兆流产，需要及时就医。可在医生的指导下使用黄体酮、地屈孕酮等药物进行保胎治疗。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，以输卵管妊娠最常见。异位妊娠时，随着孕囊的生长，会导致输卵管破裂，引起大出血，甚至危及生命。因此，如果怀孕四十天出现咖啡色分泌物，同时伴有一侧下腹部隐痛或酸胀感，需要警惕异位妊娠的可能，应及时就医，进行B超检查等，以明确诊断。一旦确诊异位妊娠，应尽早治疗，可选择手术治疗或药物治疗。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性滋养细胞疾病，病因尚不清楚。怀孕后，子宫大于停经月份，变软，血清HCG水平异常升高。超声检查可发现子宫内充满大小不等的水泡，形如葡萄，确诊后需要及时清宫。
4.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈慢性炎症的一种表现，息肉质地脆弱，触碰后容易出血，导致阴道分泌物异常。如果怀孕前有宫颈息肉，怀孕后可能会因为息肉的存在而出现咖啡色分泌物。可在医生的指导下进行息肉摘除术。
5.其他：阴道炎、宫颈炎、子宫肌瘤等也可能导致怀孕四十天时下面有咖啡色分泌物。
总之，怀孕四十天出现咖啡色分泌物需要引起重视，建议及时就医，进行相关检查，如B超、血HCG、孕酮等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持心情愉快，禁止性生活。