肛瘘主要表现为肛周反复流脓、肿痛等症状。一般来说，肛瘘患者肛周会有持续性或间断性的流脓情况，脓液量时多时少。
流脓情况：
间歇性流脓： 很多肛瘘患者会出现间歇性流脓的现象。在瘘管通畅的时候，会有较多的脓性分泌物排出，颜色多为黄色、白色，质地较为浓稠。而当瘘管暂时闭合时，流脓现象会减轻甚至暂时停止。持续性流脓： 少数病情较为严重或者瘘管比较复杂的肛瘘患者，可能会出现持续性流脓的情况，尤其是在肛瘘急性发作的时候，流脓量会明显增多，而且脓液可能会伴有臭味。
肿痛表现：
间歇性肿痛： 当肛瘘的内口受到感染，或者瘘管引流不畅时，会出现间歇性的肿痛。患者会感觉到肛周局部有肿胀感，同时伴有疼痛，这种疼痛一般为胀痛或者跳痛，在行走、坐立或者排便时可能会加重。持续性肿痛： 如果肛瘘发生了急性感染或者脓肿形成，就会出现持续性的肿痛，疼痛会比较剧烈，患者往往难以忍受，还可能伴有发热等全身症状，此时肛周局部会出现红肿、硬结等表现。
瘙痒症状：
分泌物刺激引起： 由于肛瘘不断有脓性、血性或者黏液性的分泌物流出，这些分泌物会刺激肛周皮肤，导致患者出现肛周瘙痒的症状。患者会不自觉地搔抓肛周皮肤，长期搔抓可能会引起肛周皮肤的破损、湿疹等继发问题。瘙痒程度差异： 瘙痒的程度因人而异，有的患者只是轻微的瘙痒，不影响日常生活；而有的患者瘙痒非常严重，严重影响睡眠和工作，需要通过外用药物等方法来缓解瘙痒症状。