怀孕初期总是肚子疼可能由以下原因引起：
一、正常生理现象：怀孕后女性体内激素水平改变，雌激素和孕激素分泌增多，这可能对胃肠神经产生影响，且怀孕初期受精卵着床时会对子宫形成刺激，从而导致怀孕初期总是肚子疼。若没有其他不适症状，通常属于正常生理现象。在此情况下，女性需注意卧床休息，同时要放松自身心态。
二、先兆流产：胚胎发育不良、药物影响、黄体功能不全等因素都可能引发先兆流产，出现阴道少量出血、腹痛等表现，进而造成怀孕初期总是肚子疼。此时女性应及时就医，一般可在医生指导下使用如黄体酮栓、保胎灵片、孕康口服液等药物进行保胎治疗。
三、异位妊娠：输卵管畸形、输卵管粘连等状况可能使受精卵在输卵管部位受阻，未进入子宫腔而在输卵管处着床，胚胎发育可能导致输卵管破裂，引起怀孕初期总是肚子疼。这种情况下女性需要及时终止妊娠，一般可通过输卵管切除术来治疗，以避免大出血的发生。
总结：怀孕初期总肚子疼的原因多样，包括正常生理现象、先兆流产和异位妊娠等，需要根据具体情况进行判断和相应处理。