会厌囊肿的治疗主要以手术为主，一般较小的囊肿可先观察，较大的囊肿通常需要手术切除，如支撑喉镜下会厌囊肿切除术等，手术多在局部麻醉下进行，操作相对简单，一般半小时左右可完成。
手术治疗为主
支撑喉镜下切除术：这是常用的手术方式，通过支撑喉镜暴露会厌囊肿，然后用器械将囊肿切除。该手术创伤较小，术后恢复相对较快。激光切除术：利用激光的能量切除会厌囊肿，具有出血少、术后恢复快等优点，但对操作医生的技术要求较高。
较小囊肿的观察
定期复查：如果会厌囊肿较小，没有明显症状，医生可能会建议定期复查，一般建议3~6个月复查一次喉镜，观察囊肿的变化情况。注意生活习惯：在观察期间，要注意避免过度用嗓，保持口腔清洁，避免食用辛辣、刺激性食物等，以防囊肿增大或引发感染。
术后护理要点
饮食注意：术后短期内要吃温凉、细软的食物，如米粥、面条等，避免吃热烫、坚硬的食物，防止刺激手术部位引起出血或疼痛，一般术后1~2天可逐渐过渡到正常饮食，但仍要注意清淡。口腔卫生：保持口腔清洁，勤漱口，可使用淡盐水漱口，每天3~4次，预防口腔感染，有利于手术部位的恢复。避免剧烈运动：术后要避免剧烈咳嗽、用力打喷嚏以及剧烈运动等，防止腹压和颅内压升高，影响手术部位的愈合，一般休息1~2周后可适当进行轻体力活动。