深呼吸时会咳嗽可能是吸入冷空气、咽炎、支气管炎等原因所致。具体如下：
一、吸入冷空气：当患者肺活量较小，深呼吸时吸入冷空气，可能会使气管受刺激引发气管痉挛，进而导致深呼吸时咳嗽。对此，一般无需特殊治疗，日常外出时可佩戴口罩以避免吸入冷空气。
二、咽炎：若患者平时喜爱辛辣、刺激食物，或长期抽烟，可能致使咽部受刺激而引发咽炎。深呼吸时，吸入的空气易刺激咽部黏膜，从而造成咳嗽。患者应平时多喝水，避免抽烟喝酒，多食用新鲜蔬菜和水果。在治疗方面，可在医生指导下服用如蓝芩口服液、盐酸氨溴索口服溶液、复方鱼腥草胶囊等药物。
三、支气管炎：通常由支气管黏膜遭受病毒或细菌感染引起。若患支气管炎，炎症刺激局部会导致充血、肿胀，深呼吸时气流难以顺利通过支气管，从而引起咳嗽。患者需在医生指导下服用罗红霉素片、阿莫西林胶囊、左氧氟沙星片等药物进行治疗，也可采用超声雾化的方法。
总之，当出现深呼吸时咳嗽的情况，应根据具体原因采取相应的措施进行改善和治疗。