舌根两边疼可能由多种原因引起，比如口腔溃疡，口腔溃疡可发生在舌根两边，一般7~10天能自愈，期间可能会有疼痛不适。
口腔局部炎症导致
智齿冠周炎：如果智齿萌出位置不正，周围牙龈组织容易发炎，炎症可能波及舌根两边，出现疼痛，还可能伴有牙龈红肿、张口受限等症状。舌乳头炎：丝状乳头、菌状乳头等舌乳头发生炎症时，也会导致舌根两边疼痛，比如菌状乳头炎，可能是由于局部刺激、感染等引起，会看到舌乳头红肿。
全身疾病相关因素
维生素缺乏：当人体缺乏维生素B族等营养素时，可能会引起口腔黏膜的病变，导致舌根两边疼痛，比如长期偏食、挑食的人容易出现维生素缺乏情况。免疫系统疾病：像扁平苔藓等免疫系统相关的口腔疾病，也可能累及舌根两边，出现疼痛，这种情况可能会反复发作，病情相对复杂。
不良生活习惯影响
过度用嗓：长时间大声说话、唱歌等过度用嗓的情况，可能会引起舌根部位肌肉疲劳，出现疼痛，尤其是本身有咽喉部基础问题的人更易发生。饮食刺激：经常吃辛辣、过烫的食物，会对舌根黏膜造成刺激，导致疼痛，比如吃了很辣的火锅后，可能会马上感觉到舌根两边有灼热疼痛感。