三岁宝宝早上起来咳嗽但白天没事，可能是生理性原因，也可能是处于呼吸系统感染、咽喉炎症早期等病理性原因。需及时就诊明确病因后对症治疗，若为炎症所致可选择青霉素等抗生素，必要时可用糖皮质激素。
一、生理性原因：
支气管、肺、鼻腔等呼吸系统黏膜会产生分泌物，其可湿润气道并阻挡灰尘、微生物等进入。夜间睡眠时分泌物产生较多，三岁宝宝晨起后会出现反射性咳嗽来清除，这是正常生理现象。
二、病理性原因：
1.呼吸系统感染早期：
(1)如鼻炎、鼻窦炎等上呼吸道感染，会使宝宝鼻腔分泌物增多出现倒流，刺激咽喉导致咳嗽。早期咳嗽不严重，常在夜间炎症加重后次日早上偶尔咳嗽，之后会发展为全天咳嗽。
(2)咽喉炎症早期，炎症因子刺激咽喉黏膜引起咽痛、咽痒，早期可能仅轻微咽痒，后也会发展为全天多次咳嗽。
2.过敏因素：如变异性哮喘，早上起床时空气中的灰尘、花粉、螨虫等易进入咽喉刺激黏膜，导致宝宝一过性咳嗽。
总之，对于三岁宝宝早上咳嗽白天正常的情况，要明确原因，针对性处理。如果是生理性的无需特殊处理，如果是病理性的要根据具体情况进行治疗。