软疣主要通过局部治疗来改善，一般可以采用夹除术，这是比较常用的方法，通常在医院由医生操作，夹除过程相对简单。
局部治疗方法
刮除术： 医生会用特制的刮匙将软疣小体刮除，操作时要注意彻底清除，之后可能会涂抹碘伏等进行消毒。一般一次刮除后就能去除大部分软疣。冷冻治疗： 利用低温的液氮使软疣组织坏死脱落。冷冻治疗可能需要多次进行，一般间隔2 - 3周左右可以重复操作，冷冻后局部可能会出现水疱等反应，但多数能逐渐恢复。激光治疗： 用激光的能量烧灼软疣，使其碳化脱落。激光治疗相对来说创面较小，但也需要注意术后护理，防止感染。
药物辅助治疗
外用药物： 可以使用维A酸类药物，如维A酸乳膏等，这类药物能调节细胞角化，对软疣有一定的治疗作用，但起效相对较慢，可能需要连续使用数周。不过儿童使用时要谨慎，需在医生指导下使用，因为低龄儿童皮肤比较娇嫩，药物可能会引起刺激等不良反应。干扰素： 对于免疫力较低的患者，可能会辅助使用干扰素，它可以调节机体免疫，抑制病毒复制，但使用干扰素可能会有一些不良反应，如发热等，需要在医生的严格评估下使用。
日常注意事项
保持皮肤清洁： 患者要注意保持皮肤的清洁卫生，每天用温水清洗患处周围的皮肤，但要避免过度搓洗，防止皮肤破损加重感染。避免搔抓： 软疣患者要尽量避免搔抓患处，因为搔抓可能会导致软疣病毒扩散，引起自身接种，使皮疹数量增多。例如搔抓后可能会在身体其他部位也出现新的软疣。隔离与防护： 软疣具有一定的传染性，患者要注意隔离，不与他人共用毛巾、衣物等个人物品。在公共浴室等场所要注意防护，防止交叉感染。如果是儿童患者，家长要加强对孩子的看护，避免孩子与他人过度密切接触。