肠道疾病有多种药物可用于治疗，比如用于治疗肠道细菌感染的抗生素等。常见的治疗肠道疾病的药物有以下几类：
抗感染药物
抗菌药物： 对于细菌感染引起的肠道疾病，如肠炎等，常用的有诺氟沙星等。诺氟沙星属于喹诺酮类抗菌药，能抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥抗菌作用，但18岁以下青少年禁用。抗病毒药物： 若肠道病毒感染，如轮状病毒肠炎，目前尚无特效抗病毒药物，主要是对症支持治疗，但部分情况下可能会用到一些干扰素等，不过需在医生评估后使用。
调节肠道菌群药物
益生菌类： 像双歧杆菌四联活菌片，它能补充肠道有益菌，调节肠道菌群平衡，可用于肠道菌群失调引起的腹泻、便秘等肠道疾病。一般来说，儿童也可在医生指导下使用，但要注意保存条件，需冷藏。益生元类： 低聚果糖等属于益生元，能被肠道有益菌发酵利用，促进有益菌生长繁殖，改善肠道环境，帮助维持肠道健康，可用于辅助改善肠道功能紊乱等情况。
止泻药物
蒙脱石散： 它可以吸附肠道内的病毒、细菌及其产生的毒素等，起到止泻作用。成人和儿童都能使用，将蒙脱石散溶于水中服用即可，服用时要注意适量饮水，避免便秘。药用炭片： 能吸附肠道内气体、细菌和毒素等，用于腹泻及胃肠胀气等情况。成人每次可以服用3 - 10片，每日3次，但过量服用可能会引起便秘。
缓解肠道痉挛药物
颠茄片： 能解除胃肠道平滑肌痉挛，缓解肠道痉挛引起的疼痛，比如肠道痉挛导致的腹痛等。但青光眼患者禁用，前列腺肥大患者慎用。山莨菪碱片： 也可解除平滑肌痉挛、血管痉挛，改善微循环，用于胃肠道绞痛等。颅内压增高、脑出血急性期患者禁用。