小儿肺炎支原体感染的治疗主要包括对因治疗和对症治疗。既要处理支原体感染导致的肺炎，也要针对小儿存在的咳嗽、痰多、缺氧等症状进行相应治疗，用药需在医生指导下进行。
一、对因治疗：
1.通常会使用大环内酯类抗生素来治疗支原体感染，临床常用的有阿奇霉素或红霉素。
2.家长要注意，小儿发生支原体感染必须进行足疗程治疗。上呼吸道感染一般治疗1周左右，而下呼吸道如急性支气管炎或肺炎，疗程则需2至3周，否则容易出现支原体感染反复的情况。
二、对症治疗：
1.止咳化痰：
(1)支原体感染常伴有剧烈咳嗽，需针对咳嗽进行治疗。呼吸道会产生分泌物，可应用强力枇杷露、盐酸氨溴索口服溶液等止咳化痰药物。
(2)必要时可通过雾化吸入乙酰半胱氨酸等药物，使痰液稀释，再通过拍背或吸痰促进痰液排出，以利于控制支原体感染。
2.氧疗：小儿肺炎支原体感染若出现缺氧症状，要及时进行氧疗。根据缺氧程度给予吸氧或通过人工机械辅助方式给氧。
3.营养心肌治疗：
(1)小儿支原体感染，特别是发生支原体肺炎时，容易并发心肌炎，此时心肌酶会明显升高。
(2)若并发心肌炎，必须及时使用营养心肌的药物，如曲美他嗪、辅酶Q10、门冬氨酸钾镁片等进行治疗，同时要多休息，避免增加心脏负担。
4.应用激素：对于重症支原体肺炎，除上述治疗外，若病情发展迅速，出现肺不张、支气管扩张、肺间质纤维化或存在肺外并发症的孩子，可能还需要应用地塞米松、强的松等肾上腺皮质激素进行治疗。
此外，肺炎支原体感染可能会小范围流行，小儿发病后治疗时间较长。对发生支原体感染或有密切接触史的小儿，要做到呼吸道隔离。当小儿发生肺炎支原体感染时，家长应及时带其前往医院就诊，并在医生指导下进行合理治疗。家长平时要注意孩子的喂养方式，做好保暖工作，以避免小儿肺炎复发。